Sæson 3 følger Hanna, mens hun forsøger at nedbringe Utrax, den skumle organisation der skabte hende, med hjælp fra den påvirkede tidligere CIA-agent Marissa Wiegler. Historien krydser Europa og bygger op til et dramatisk klimaks, når Hanna og Marissa opdager den sande, skræmmende omfang af operationen samt hvem der i sidste ende stod bag det hele.
