G.I. Joe kæmper stadig for at forhindre Cobra i at overtage verden. Et baghold i Arktis og den efterfølgende flugt af Cobra Commander fra fængslet får Joes til at tro, at der er noget større på spil. Efter et større angreb fra Cobra på G.I. Joe Teamets hovedkvarter er Joes tvunget til at slå tilbage.
