Da en hemmelig base, efterladt af de oprindelige bygherrer af Stargate, bliver fundet begravet i isen i Antarktis, bliver det nyformede Stargate Atlantis team født. Holdets opdagelse fører til en dristig ekspedition til den fjerne Pegasus-galakse, hvor de møder en primitiv menneskelig civilisation og en ondskabsfuld ny fjende, der truer menneskelivet overalt.
