I dette eksplosive afsluttende kapitel af Matrix-trilogien kæmper Neo, Morpheus og Trinity for at forsvare Zion, den sidste rigtige by i den virkelige verden, mod maskinernes overgreb, der har gjort den menneskelige race til slaver. Og nu, mens Neo lærer mere om sine heroiske kræfter - herunder evnen til at se koderne for tingene og menneskene, står han over for konsekvenserne af det valg, der blev truffet i The Matrix Reloaded.