Forskerne Elizabeth Shaw (Noomi Rapace) og Charlie Holloway (Logan Marshall-Green) finder i hulemalerier spor på, at kimen til livet på Jorden er opstået på en fremmed planet mange lysår væk. Den stenrige Peter Weyland (Guy Pearce) går med til at finansiere en ekspedition, og snart drager Elizabeth og Charlie sammen med andre forskere på en rumrejse til den anden side af universet ombord på rumskibet Prometheus. Da de ankommer til den fremmede planet, går det op for dem, at ekspeditionen er en grusom fejltagelse. Det de finder på planeten er en kæmpe trussel mod menneskeheden. Hvordan skal de bekæmpe det? Og hvordan kan de slippe væk fra planeten med livet i behold?
