Den tidligere fængsels-ø Alcatraz besættes af elitesoldater, som ledes af general Francis X Hummel (Ed Harris). Med turister som gidsler truer de med at tilintetgøre San Francisco med raketter, der er ladet med biologiske våben. Manden, som kan redde byens indbyggere fra den sikre død, hedder John Patrick Mason, spillet af den legendariske Sean Connery. Han er den eneste fange, som er flygtet fra Alcatraz med livet i behold. Han får hjælp af Stanley Goodspeed, en begavet, men lidt forvirret FBI-agent, spillet af Nicolas Cage. Kan myndighederne nå at stoppe Hummel og hans mænd? Vil Mason lede modangrebet samme vej ind i fængslet, som det engang lykkedes ham at flygte ud?
