FX' Shōgun, en original filmatisering af James Clavells roman, udspiller sig i Japan i år 1600 ved begyndelsen af en borgerkrig, der bliver afgørende for et helt århundrede. Lord Yoshii Toranaga kæmper for sit liv, da hans fjender i Regentrådet samler sig mod ham. Da et mystisk europæisk skib bliver fundet strandet i en nærliggende fiskerby, kommer skibets engelske styrmand, John Blackthorne, med hemmeligheder, der kan hjælpe Toranaga med at tippe magtens vægtskål og knuse Blackthornes fjenders frygtindgydende indflydelse - jesuiterpræsterne og portugisiske købmænd. Toranagas og Blackthornes skæbner bliver uløseligt forbundet med deres oversætter, Toda Mariko, en mystisk kristen adelskvinde og den sidste i en vanæret slægt. Mens Mariko tjener sin herre midt i dette anspændte politiske landskab, må hun forene sit nyfundne venskab med Blackthorne, sin forpligtelse til den tro, som reddede hende, og sit ansvar over for sin afdøde far.
