Guardians of the Galapagos tager seerne med bag kulisserne på optagelserne af Sea Lions of the Galapagos og viser ikke kun, hvordan filmen blev skabt, men også den fascinerende verden, der inspirerede den. Disneynature-holdet kæmper mod søsyge, hede og ekstreme dykkerforhold i deres bestræbelser på at fortælle historien om den unge søløveunge Leo og indfange sjældne øjeblikke fra søløvernes liv – fra legesyge unger og bølgesurfende teenagere til voksne, der jager enorme gulfinnede tun. Men øgruppen står over for alvorlige udfordringer som invasive arter, forurening, ulovligt fiskeri og El Niño-begivenheder. Filmen sætter fokus på Galápagos' sande vogtere – en dedikeret gruppe ildsjæle, der arbejder for at beskytte øerne gennem miljøkampagner, strandoprydninger, genopretning af koralrev og initiativer, der giver lokale børn mulighed for at opleve dette enestående sted.