Med Hvalernes hemmeligheder kommer seerne med ud på dybt vand - og havner i hvalernes kulturelle epicenter for at opleve de exceptionelle kommunikationsfærdigheder og avancerede sociale strukturer, der kendetegner fem forskellige hvalarter: spækhuggere, pukkelhvaler, hvidhvaler, narhvaler og kaskelotter. På denne episke rejse – der er filmet over en periode på tre år og på 24 forskellige lokationer – lærer vi, at hvaler er langt mere komplekse og ligner os mere, end vi kunne forestille os.
