Historien starter før begivenhederne i miniserien og fokuserer på velkendte karakterer, herunder Cylon Nummer Ét, kendt som Cavil, modstandsleder Sam T. Anders og chef Galen Tyrol. Under de kaotiske eftervirkninger af ødelæggelsen kæmper to magtfulde Cylon-agenter med intriger og prioriteter på de menneskelige skibe, der flygtede, og blandt modstandskæmperne, der blev tilbage.
