Skarret af den Anden Påvirkning angriber den Fjerde Engel Tokyo III, og menneskehedens skæbne ligger i hænderne på den Specielle Regeringsagentur NERV. Den unge Shinji Ikari tvinges til at pilotere EVA-01. Han og EVA-00 piloten Rei Ayanami får til opgave at kæmpe, men EVA-01 bliver beskadiget af den Sjette Engel. Misato Katsuragi udarbejder en plan for at fokusere al Japans elektricitet i EVA-01's positronkanon for at besejre Englen.
