Lige uden for Jordens atmosfære ligger Skybase, en kæmpe flydende hangarskib, der fungerer som hovedkvarter for en international sikkerhedsorganisation kaldet Spectrum Organization, der har til opgave at opretholde fred på Jorden. Følg Captain Scarlet, Destiny Angel, leder af jagerpiloterne, Captain Blue og Lieutenant Green, mens de kæmper mod Mysterons og kæmper for planetens fremtid.
