I "El Candidato" arbejder den nybagte CIA-feltagent Isabel Alfaro sammen med den berygtede CIA-legende Wayne Addison for at nedlægge Rafael Bautista, Mexicos mest brutale og geniale narkobaron. Hendes mission bringer hende i konflikt med Eduardo Yzaguirre, hendes tidligere kæreste og den nuværende borgmester i Mexico City, den reneste og mest inspirerende politiker i landet.