"Phineas og Ferb" følger Phineas Flynn og hans stedbror Ferb Fletchers eventyr i deres sommerferie. Hver dag påtager drengene sig ambitiøse projekter. Det irriterer deres søster, Candace, der hele tiden prøver at afsløre dem overfor mor. I mellemtiden forsøger den onde forsker, dr. Doofenshmirtz, at overtage Trekantsområdet med sine "inator"-apparater. Næbdyret Perry, drengenes kæledyr og hemmelig agent, forpurrer konstant hans planer. I hver episode krydser de to plot hinanden og udsletter alle spor af drengenes projekter, lige inden det lykkes Candace at vise dem til mor.
